Se realizó el sorteo de los playoffs de los 16avos de final entre los equipos que luego de los cotejos de la primera fase se clasificaron.
Algunos equipos fueron sancionados por un fallo en el sistema Comet, sin embargo de ser aceptada la apelación ,esta no prosperó y deberán buscar el cupo el próximo año.
Así quedaron los enfrentamientos:
Daquilema FC - Pelileo SC
Astillero FC - Anaconda FC
Cuenca Juniors - Deportivo Santo Domingo
Río Aguarico - Atlético Wahlex
Estrella Roja - Corinthians (LR)
Juventud Italiana - Milagro FC
CA Samborondón -LDU El Carmen
SD Deportivo Quito - Atlético JGB
Ferrocarril Oeste - Santiago de Pillaro
Aampetra - Atlético Kin
Estrella Roja - Corinthians (LR)
Guaranda FC -Naranja Mekánica
Sociedad Atlética Sancor - Aviced FC LDU Portoviejo - Búhos ULVR FC
UDJ Quinindé - Africando SC
Mineros SC - La Unión
Primero de Mayo - LDU de Cuenca
Esta fase arranca el 11 de octubre y se juega los fines de semana.
